Salaire et indemnités journalières pendant un temps partiel thérapeutique

Pendant un mi-temps thérapeutique, le salaire se compose de deux parts : la rémunération versée par l'employeur pour les heures de travail effectuées, et une indemnité journalière de la CPAM pour chaque jour, plafonnée à la perte de gain. Le médecin traitant prescrit, l'employeur accepte l'aménagement, le salarié reprend.

Le temps partiel thérapeutique, que tout le monde appelle encore mi-temps thérapeutique, n'a rien d'un mi-temps fixe : la quotité de travail peut aller de 20 % à 80 % du temps de travail habituel, selon l'état de santé et ce que le médecin estime possible. Le revenu final dépend donc de trois données : le salaire antérieur, la quotité de reprise et le plafond des indemnités journalières fixé par la Sécurité sociale. Les règles décrites ici sont celles du salarié du secteur privé relevant du régime général, à jour du 2 novembre 2026, d'après les pages de l'Assurance Maladie et le code de la Sécurité sociale.

Quel salaire touche-t-on en mi-temps thérapeutique ?

Un salarié en mi-temps thérapeutique perçoit d'abord le salaire de son employeur, calculé au prorata des heures réellement travaillées : à 50 % du temps de travail, la rémunération brute correspond à la moitié du salaire à temps plein, primes contractuelles comprises selon leurs règles propres. Ce salaire figure sur le bulletin de paie comme pour n'importe quel temps partiel, avec les mêmes cotisations.

La seconde part du revenu vient de l'Assurance Maladie. La CPAM verse une indemnité journalière de Sécurité sociale (IJSS, ou IJ) destinée à compenser la perte de salaire liée à la réduction d'activité. L'article R323-3 du code de la Sécurité sociale pose la règle centrale : le montant de cette indemnité ne peut pas être supérieur à la perte de gain journalière liée au travail à temps partiel pour motif thérapeutique. Autrement dit, l'IJ ne sert jamais à gagner plus qu'avant l'arrêt de travail.

Le TPT sert d'abord le maintien dans l'emploi, un enjeu qui pèse dans les évolutions récentes du marché du travail, où les reprises progressives et les aménagements de poste gagnent du terrain. En pratique, la somme salaire partiel + indemnité journalière reste proche du salaire antérieur pour les revenus modestes et moyens, et s'en éloigne pour les hauts salaires, à cause du plafond des IJ. La convention collective ou un contrat de prévoyance peuvent combler une partie de l'écart, ce qui fait parfois varier la réponse d'une entreprise à l'autre pour un même salaire brut.

Comment calculer le salaire en mi-temps thérapeutique ?

Le calcul des IJSS en TPT suit les mêmes modalités que pour un arrêt maladie à temps complet : l'article R323-3 renvoie directement aux règles de l'article L323-4. Le calcul se fait en trois étapes.

Étape 1 : le salaire journalier de base

Le salaire journalier de base correspond à la somme des salaires bruts des trois derniers mois précédant l'arrêt de travail, divisée par 91,25 (article R323-4 et fiche F3053 de service-public). Pour une activité saisonnière ou discontinue, la période de référence passe à douze mois. Ce salaire brut retenu est plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel : 2 613,83 euros bruts pour les arrêts débutant à compter du 1er juillet 2026, d'après la page ameli des indemnités journalières maladie (2 522,52 euros pour les arrêts débutant en juin 2026).

Étape 2 : l'indemnité journalière théorique

L'IJSS est égale à 50 % du salaire journalier de base : ce taux de 50 % ne change pas avec la quotité de travail. L'Assurance Maladie affiche un montant maximal de 42,97 euros bruts par jour pour les arrêts prescrits à compter de juillet 2026, et de 41,95 euros bruts pour ceux prescrits en juin 2026. Elle est versée pour chaque jour calendaire, et non pour les seuls jours travaillés.

Étape 3 : le plafond de la perte de gain

L'IJSS effectivement versée en mi-temps thérapeutique est la plus faible des deux valeurs : l'IJ théorique de l'étape 2, ou la perte de gain journalière due à la réduction d'activité. Le texte ne détaille pas la méthode de calcul de cette perte de gain : chaque CPAM l'établit à partir de l'attestation de salaire et des éléments transmis par l'employeur. Les montants des exemples plus bas restent donc des ordres de grandeur bruts, avant CSG et CRDS.

Trois exemples chiffrés de revenu en temps partiel thérapeutique

Les exemples suivants appliquent les règles de 2026 à trois situations types, avec un mois de 30 jours et une perte de gain rapportée à la même base de 30 jours. Ce sont des simulations simplifiées, utiles pour comprendre l'ordre de grandeur, pas un montant garanti par la caisse. Un simulateur en ligne donne le même type d'estimation ; aucun simulateur ne remplace la notification de la CPAM, seule à fixer le montant réel versé au salarié.

Dans le premier cas, 7 200 euros de salaires sur trois mois donnent un salaire journalier de base de 78,90 euros, donc une IJ théorique de 39,45 euros, inférieure à la perte de gain : l'IJ est versée en entier et le revenu total frôle le salaire d'avant. Dans le deuxième cas, la reprise à 80 % réduit fortement la perte de salaire, et c'est elle qui plafonne l'indemnité. Dans le troisième, le salaire de 4 000 euros dépasse le plafond de 1,4 Smic : l'IJ bute sur 42,97 euros et le salarié perd environ 711 euros bruts par mois, sauf complément de l'employeur ou de la prévoyance. Le niveau de complément obtenu dépend alors d'une garantie complémentaire, d'où la question à poser au service paie avant la mise en place du TPT. Pour vérifier son propre cas, le plus fiable reste de reprendre ses trois dernières fiches de paye, de calculer la moyenne brute, puis de la comparer au plafond : un simulateur personnel en tableur suffit pour ce point de départ.

Quelles sont les conditions du mi-temps thérapeutique ?

Le mi-temps thérapeutique repose sur une condition médicale posée par l'article L323-3 du code de la Sécurité sociale : la reprise du travail et le travail effectué doivent être reconnus comme de nature à favoriser l'amélioration de l'état de santé de l'assuré, ou l'assuré doit faire l'objet d'une rééducation ou d'une réadaptation professionnelle. Le dispositif concerne la maladie comme l'accident du travail et la maladie professionnelle, chacun avec ses propres règles d'indemnisation.

• Une prescription du médecin traitant : c'est lui qui prescrit le temps partiel thérapeutique, condition indispensable pour bénéficier des IJSS, selon ameli.fr.
• Aucun arrêt préalable obligatoire : depuis le 1er janvier 2019, le passage au temps partiel thérapeutique n'a plus besoin d'être précédé d'un arrêt de travail indemnisé à temps complet.
• Un aménagement négocié avec l'employeur : les horaires et la quotité se fixent avec lui et le médecin du travail.
• L'avis de la caisse : le médecin-conseil de l'Assurance Maladie évalue la durée du dispositif en lien avec le médecin traitant.

Le salarié reste donc en activité, sous contrat de travail, avec un temps de travail réduit et un état de santé suivi. Le médecin-conseil valide la durée, le médecin du travail valide l'aptitude et l'organisation du poste, l'employeur valide l'aménagement des horaires : trois accords distincts, qui se préparent souvent en parallèle. Lorsque la rééducation passe par un nouveau métier, les parcours de formation pour adultes en reconversion se construisent pendant cette période, avec le médecin du travail et, le cas échéant, un conseiller en évolution professionnelle.

La demande de TPT peut venir du salarié lui-même, qui en parle à son médecin traitant, ou d'une proposition du médecin du travail lors d'une visite de préreprise. Dans le cadre de cette demande, le salarié a la possibilité de se faire aider par les représentants du personnel ou par la cellule de prévention de la désinsertion professionnelle de sa caisse, qui accompagne le maintien dans l'emploi des assurés en arrêt ou en reprise.

L'employeur peut-il refuser le temps partiel thérapeutique ?

L'employeur peut refuser le temps partiel thérapeutique s'il le juge incompatible avec le fonctionnement de l'entreprise, indique l'Assurance Maladie. Le refus ne clôt pas la situation : le salarié et l'employeur réévaluent alors la reprise avec le médecin du travail, qui peut proposer un autre aménagement du poste, une autre répartition des heures ou une autre quotité.

L'accord de l'employeur porte sur l'organisation concrète : jours travaillés, horaires, missions confiées, éventuellement télétravail. Dans beaucoup d'entreprises, cet accord se formalise par un avenant au contrat de travail ou un écrit qui fixe la durée et la répartition du temps de travail pendant la période. La pratique varie selon la convention collective et la taille de l'entreprise ; le service des ressources humaines donne la procédure interne.

Le médecin du travail tient un rôle d'arbitre technique. Après un arrêt d'au moins 60 jours pour une maladie non professionnelle, la visite de reprise est obligatoire, et c'est souvent à cette occasion que le temps partiel est organisé. Depuis la loi du 30 décembre 2025, le médecin-conseil peut aussi solliciter le médecin du travail pour préparer la reprise dès qu'une interruption dépasse 30 jours (article L323-4-1).

Combien de temps dure l'indemnisation en mi-temps thérapeutique ?

La durée du mi-temps thérapeutique dépend de l'évolution de l'état de santé : l'Assurance Maladie le présente comme un dispositif transitoire, limité dans le temps, dont la durée est évaluée par le médecin-conseil avec le médecin traitant. Si, après une période de reprise progressive, le retour à temps complet reste impossible, d'autres solutions s'envisagent : pension d'invalidité, reconversion, aménagement durable du poste.

Côté indemnités, l'article R323-3, dans sa rédaction issue du décret du 16 septembre 2026, encadre la durée maximale de versement des IJ en cas de reprise du travail : elle ne peut excéder d'un an les périodes et le nombre maximal d'indemnités journalières prévus à l'article R323-1. Pour mémoire, ce dernier retient 360 indemnités journalières sur une période de trois ans en arrêt maladie classique, et trois ans en cas d'affection de longue durée (ALD). Ces dispositions s'appliquent aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026.

La lecture exacte de cette règle pour un dossier donné relève de la caisse : la durée déjà indemnisée avant la reprise, l'existence d'une ALD ou d'un accident du travail changent le décompte. Le relevé des indemnités journalières disponible sur le compte ameli permet de consulter les jours déjà versés ; en cas de doute sur le décompte, une demande écrite à la caisse donne une réponse opposable, utile avant de reprendre à un taux d'activité plus faible ou de demander une prolongation.

Délai de carence, versement et bulletin de paie

Le délai de carence de trois jours, appliqué au début de chaque arrêt maladie, ne s'applique pas aux indemnités du temps partiel thérapeutique : l'article L323-3 écarte expressément ce délai. Les indemnités journalières sont dues dès le premier jour du mi-temps thérapeutique, à condition que la prescription et l'attestation de salaire soient parvenues à la CPAM.

Le versement suit le rythme habituel des IJ, environ tous les quatorze jours. Deux schémas existent :

• Versement direct : la CPAM paie les indemnités au salarié, qui reçoit en plus son salaire partiel de l'employeur.
• Subrogation : l'employeur maintient tout ou partie de la rémunération et perçoit lui-même les IJ. Le bulletin de paie montre alors une ligne d'indemnités journalières et, souvent, un complément employeur.

Les indemnités journalières subissent la CSG et la CRDS, et elles restent imposables comme un revenu en cas de maladie ordinaire. Le salaire net en mi-temps thérapeutique se lit donc sur deux documents : le bulletin de paie et le relevé ameli. Pour une maladie professionnelle ou un accident du travail, les règles fiscales et le montant des IJ diffèrent ; la caisse précise le régime applicable.

Le maintien de salaire par la convention collective et la prévoyance

Le maintien de salaire complémentaire dépend de la convention collective, d'un accord d'entreprise ou du contrat de prévoyance souscrit par l'employeur. Certaines conventions prévoient que l'employeur complète les IJ jusqu'à un pourcentage du salaire antérieur, d'autres renvoient à l'assureur prévoyance, d'autres encore ne disent rien du temps partiel thérapeutique. La notice de prévoyance, remise à l'embauche ou disponible auprès du CSE, précise si la garantie couvre la reprise à temps partiel et sur quelle base.

Ce complément pèse lourd pour les salaires au-dessus du plafond de 1,4 Smic, comme le montre le troisième exemple. Il se demande en général par le service paie, avec la notification de la CPAM et les relevés d'IJ ; pour obtenir l'aide de l'assureur, la demande complémentaire part souvent avec un délai de déclaration fixé au contrat, à consulter dès la mise en place du temps partiel. Bénéficier d'un complément suppose parfois une ancienneté minimale, autre question à poser. Le salarié dont le dossier mêle prévoyance, ALD et invalidité a intérêt à faire relire sa situation par un juriste en droit social, un représentant du personnel ou un conseiller d'une organisation syndicale, surtout lorsqu'un refus de prise en charge ou un écart de calcul apparaît.

Quelles démarches pour le mi-temps thérapeutique ?

Les démarches du mi-temps thérapeutique suivent un ordre simple, qui évite les trous de versement :

1. Le médecin traitant rédige la prescription de temps partiel thérapeutique, qui précise la quotité et la durée envisagées.
2. Le salarié transmet le document à la CPAM et à l'employeur dans les mêmes délais qu'un avis d'arrêt (48 heures sur ameli.fr), sur le formulaire sécurisé s'il est en papier : depuis le 1er juillet 2025, aucun scan ni photocopie n'est accepté.
3. L'employeur organise la visite avec le médecin du travail si elle est due, puis fixe par écrit les horaires de reprise.
4. L'employeur envoie l'attestation de salaire à la caisse, base du calcul des indemnités journalières.
5. Le médecin-conseil se prononce sur la durée ; chaque prolongation passe par une nouvelle prescription avant la fin de la période en cours.

Un retour à temps complet anticipé se signale à la CPAM : l'Assurance Maladie demande d'informer la caisse dans les 24 heures en cas de reprise avant la date prévue. Ce signalement évite un trop-perçu d'IJ, que la caisse réclame ensuite. À l'inverse, un salarié qui ne parvient pas à reprendre au niveau prévu pose la question à son médecin traitant avant la fin de la période : une nouvelle demande de quotité plus basse vaut mieux qu'un nouvel arrêt à temps complet.

Fonction publique, temps partiel classique : les régimes à ne pas confondre

Le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique obéit à un statut différent : le fonctionnaire titulaire relève du code général de la fonction publique (articles L823-1 et suivants), et non des IJSS de la CPAM décrites ici. Le fonctionnaire autorisé à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique perçoit l'intégralité de son traitement indiciaire : sa rémunération reste celle de son échelon sur la grille indiciaire, sans calcul de perte de gain. Le TPT s'y demande souvent après un congé de maladie ordinaire, un congé de longue maladie ou un congé de longue durée, mais ces congés ne sont pas un préalable obligatoire. Le service des ressources humaines de l'administration donne la procédure et les pièces à fournir ; dans la fonction publique territoriale comme dans la fonction publique hospitalière, la demande passe aussi par l'avis d'un médecin agréé, expert désigné par l'administration. Les agents contractuels du secteur public relèvent en partie du régime général, avec des IJSS comme dans le secteur privé.

Le temps partiel thérapeutique n'est pas non plus un temps partiel choisi : dans un temps partiel classique, le salaire baisse sans indemnité de la Sécurité sociale. La confusion arrive souvent lorsqu'un salarié prolonge sa reprise à temps partiel une fois les droits aux IJ épuisés : il passe alors d'un dispositif indemnisé à un temps partiel ordinaire, avec un avenant au contrat et une baisse de salaire définitive. Avant de signer, mieux vaut demander une information juridique précise au service RH ou aux représentants du personnel.

Congés payés, temps plein et retour progressivement à 100 %

Les congés payés continuent de s'acquérir pendant le mi-temps thérapeutique : le salarié à temps partiel bénéficie des mêmes droits que le salarié à temps plein, soit 2,5 jours ouvrables de congé par mois de travail effectif selon le code du travail. Le congé pris pendant la période se rémunère sur la base du salaire réellement perçu, ce qui pousse beaucoup de salariés à poser leurs congés avant ou après le TPT plutôt que pendant.

Le retour à temps plein se prépare progressivement : la quotité peut remonter de 50 % à 80 % au fil des prescriptions, avant la reprise à 100 %. Chaque palier change la paye et le montant des IJSS, puisque la perte de gain diminue. Le salarié a intérêt à demander à son employeur une simulation de paye à chaque nouvelle quotité, et à garder les notifications de la caisse pour contrôler les versements sur le site ameli.

Mi-temps thérapeutique et salaire : réponses aux cas concrets

Le salaire est-il maintenu à 100 % en mi-temps thérapeutique ?

Le salaire n'est pas maintenu automatiquement à 100 % : l'employeur paie les heures travaillées et la CPAM verse une indemnité journalière plafonnée à la perte de gain et à 42,97 euros bruts par jour depuis juillet 2026. Le revenu total approche le salaire antérieur pour un salaire sous le plafond de 1,4 Smic ; au-delà, seul un complément de la convention collective ou de la prévoyance comble l'écart.

Faut-il un arrêt de travail avant un mi-temps thérapeutique ?

Un arrêt préalable n'est plus obligatoire depuis le 1er janvier 2019 : le médecin traitant peut prescrire un temps partiel thérapeutique à un salarié qui travaille encore, dès lors que le maintien au travail favorise l'amélioration de son état de santé.

Y a-t-il un délai de carence en mi-temps thérapeutique ?

Le délai de carence de trois jours ne s'applique pas aux indemnités journalières du temps partiel thérapeutique, en vertu de l'article L323-3 du code de la Sécurité sociale.

Qui décide de la quotité de travail ?

La quotité de travail découle de la prescription du médecin traitant, discutée avec le médecin du travail et l'employeur : elle peut aller de 20 % à 80 % du temps de travail et évoluer pendant la période selon l'état de santé.

Le cas particulier d'un salaire élevé, d'une ALD ancienne ou d'une indemnisation déjà longue mérite un échange avec le médecin-conseil de la CPAM avant la reprise, et un passage par un juriste en droit social si la caisse ou la prévoyance refusent une prise en charge attendue. Les conditions d'accès au dispositif figurent sur la page ameli consacrée à la reprise du travail après un arrêt maladie.